Saves the concepts list into the source_concepts folder
Arguments
- concepts
tibble containing the concepts
- concept_group
concept group name that will be used to create the file name
- force
forces overwriting file. WARNING: this may delete already mapped concepts
Examples
library(dplyr)
conn <- amstel::connect("amsterdamumcdb")
#> Connecting using PostgreSQL driver
#> Executing SQL took 0.00366 secs
admissions <- tbl(conn, "admissions")
concepts <- admissions %>%
group_by(source_concept=origin) %>%
summarise(count=n()) %>%
collect()
#> Note: method with signature ‘DBIConnection#SQL’ chosen for function ‘dbQuoteIdentifier’,
#> target signature ‘DatabaseConnectorJdbcConnection#SQL’.
#> "DatabaseConnectorConnection#character" would also be valid
concepts <- save_concepts(concepts, "admissions_origin")
#> WARNING: file already exists at: /home/patrick/git/AMSTEL/data/source_concepts/admissions_origin.csv
#> Concepts not extracted. Please delete the file if re-extraction is desired.
concepts
#> # A tibble: 16 × 2
#> source_concept count
#> <chr> <dbl>
#> 1 Special/Medium care zelfde ziekenhuis 193
#> 2 NA 14075
#> 3 Andere locatie zelfde ziekenhuis, transport per ambulance 5
#> 4 Verpleegafdeling ander ziekenhuis 91
#> 5 Verpleegafdeling zelfde ziekenhuis 5027
#> 6 Operatiekamer vanaf Eerste Hulp afdeling zelfde ziekenhuis 2
#> 7 Recovery zelfde ziekenhuis (alleen bij niet geplande IC-opname) 217
#> 8 Special/Medium care ander ziekenhuis 19
#> 9 CCU/IC ander ziekenhuis 239
#> 10 Anders 53
#> 11 Eerste Hulp afdeling ander ziekenhuis 132
#> 12 CCU/IC zelfde ziekenhuis 296
#> 13 Huis 85
#> 14 Recovery ander ziekenhuis 6
#> 15 Operatiekamer vanaf verpleegafdeling zelfde ziekenhuis 5
#> 16 Eerste Hulp afdeling zelfde ziekenhuis 2661